大学生创新创业训练计划智能管理平台
第二十八期“上海交通大学大学生创新实践计划”
基于最优传输的分子蛋白结合口袋预测
创新训练项目
工学
计算机类
创新类
电子信息与电气工程学院
潘小勇
指导教师
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国家自然科学基金
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随着蛋白结构AlphaFold预测准确度接近实验水平， 基于结构预测蛋白功能变得可行。未来将聚焦蛋白和分子复合物预测，第一步就是需要找到小分子在蛋白上的结合口袋，进而设计相应的靶向药物分子。 研究探测蛋白质表面的结合口袋，并进行可药性、别构位点及共价化合物设计位点预测，对于蛋白质功能预测、药物靶标选择和药物设计具有重要的意义。现有的方法针对已知结合口袋较少的小分子效果仍然一般，需要开发专门的小样本学习方法，特别士基于最有传输理论Optimal Transport的方法，来准确预测小分子在蛋白上的结合口袋.