全舒:主持国家优秀青年科学基金项目、国家重点研发计划青年科学家项目、国家自然科学基国际(地区)合作与交流项目、面上项目、上海市浦江人才计划等国家级、省部级项目8项。
陈谐:主持国家海外高层次人才(青年)项目等。
全舒,2004年本科毕业于清华大学生物科学与技术系,2010年博士毕业于美国密西根大学分子、细胞及发育生物学系。2010-2013年在密西根大学、霍华德休斯医学研究所进行博士后研究。2014-2024年任华东理工大学教授、博导,2024年10月起任上海交通大学生命科学与技术学院教授、博导。课题组长期专注于蛋白质折叠的相关研究,聚焦蛋白质在活细胞中的折叠原理与稳态干预,发展了一系列表征蛋白质胞内折叠的探针工具,建立了基于定向进化和计算机辅助设计的蛋白质稳定化工程新技术,解析了新型分子伴侣和重要人源蛋白的作用及调控机制,代表性成果发表于Nature Structural & Molecular Biology, PNAS, Nature Communications,Molecular Cell等期刊上。指导学生获得第三届上海市大学生生命科学竞赛特等奖(2021),全国大学生生命科学竞赛一等奖(2021,科学探究类),发表以本科生为一作(含共同)的研究论文两篇(J Phys Chem B (2024) 128(10): 2281-2292,Biochem Mol Biol Edu (2021) 49(6): 833-840)。
陈谐,上海交通大学计算机科学与工程系副教授,博士生导师,获国家海外高层次人才(青年)项目资助。博士毕业于剑桥大学信息工程系,先后在剑桥大学从事博士后研究,美国微软研究院任高级研究员,首席研究员,2021年9月加入上海交通大学。主要研究方向为深度学习,智能语音和声音信号处理,曾获微软铸星计划和上海ACM新星奖等奖励,负责和参与了多项国家自然科学基金和科技部2030项目,与国内外知名互联网公司和研究部门(如微软研究院,阿里达摩院,腾讯AI Lab,字节跳动,思必驰等)保持了长期合作。
我们将对参与训练的同学提供计算及实验方面的技术指导及支持。配备多台计算塔式服务器,支持多卡训练深度学习模型、多核多线程并行计算工具,同时具有充足的运行空间和存储空间,能够支撑大批量数据的安全存储和处理。
点突变引发的蛋白质不稳定和错误折叠会导致疾病的发生和发展,然而对于稳定性进行高通量实验测量通常费时费力,利用计算预测点突变引起的蛋白质稳定性变化至关重要。但由于已有的蛋白质稳定性数据集质量和规模的限制,目前的计算方法难以实现准确预测稳定性变化。为了解决这一问题,我们将基于已有研究数据集和公共数据库构建一个精细且完整的蛋白质稳定性数据库,并利用深度学习方法对其进行训练和预测,最终实现对人类疾病数据库中蛋白质突变体的稳定性进行准确标注。这不仅是一次理论与实践相结合的难得机会,更是深入了解蛋白质序列、结构、突变效应与AI技术相结合的绝佳途径!
参与本项目,我们将共同学习这些知识:
l 生物信息学及蛋白质稳定性相关的基础知识
l 蛋白质稳定性数据库构建与数据管理技巧
l 深度学习模型的设计与应用,如何在实际问题中提升预测精度
l 团队协作与项目管理经验,如何高效地完成科研项目
如果你对生物学、数据科学、人工智能有兴趣,并且思维活跃、动手能力强,想要在实际项目中提升自己的科研技能,就快来加入吧!